Uskup Surabaya saat itu, dalam sambutan pemberkatan Gereja Salib Suci - Tropodo, memberi sebidang tanah di daerah Pagesangan bagi Paroki Gembala Yang Baik dengan kepercayaan khusus yakni kemungkinan pembangunan gereja yang baru di desa Pagesangan Surabaya; di sebelah barat rel Kereta Api Surabaya-Malang. Tanah yang berukuran kurang dari 7.000 m2 itu ternyata lebarnya kurang strategis. Akhirnya Dewan memutuskan membeli tanah lain di sekitar wilayah itu. Bpk F.X Partrosto menceritakan bahwa proses tersebut dilalui dengan pengalaman-pengalaman sulit. Izin bangunan mulai dirintis bulan Juli 1990. Pada tanggal 31 Januari 1991, permohonan panitia untuk pembangunan gereja ditolak untuk ditandatangani. Alasannya tempat itu direncanakan untuk pembangunan perumahan. Pada tahun 1992, terjadi mutasi pada tingkat Pemerintah Daerah Kotamadya Surabaya maka panitia kembali mengajukan permohonanan pendirian Rumah Ibadat yang sangat dibutuhkan ini. Tanggal 17 Agustus 1992 ketika Indonesia merayakan hari kemerdekaannya yang ke-47, gereja di wilayah ini kembali mencatat pengalaman pahit yakni bahwa untuk kedua kalinya surat permohonan pendirian rumah ibadat itu ditolak. Menyadari situasi sulit ini dan berusaha memahami alasan yang diberikan akhirnya Panitia dan Dewan menetapkan untuk kembali ke tanah awal yang disiapkan Bapak Uskup dengan membeli lagi tanah di sampingnya. Perjuangan yang panjang dan berat itu akhirnya mulai mendapat titik terang. Keluarlah surat IMB dengan No. 188/426.91/402.09/96, tanggal 23 Februari 1996. Pembangunan fisik gereja pun mulai diwujudkan. Kegiatan pembangunan ini terpaksa dihentikan sementara sampai adanya jalan pemisah dengan lokasi pembangunan Masjid Al-Akbar Surabaya yang letaknya berdampingan dengan gereja itu. Gereja mulai difungsikan pada tanggal 19 April 1998, dengan misa perdana yang dipimpin J. Heijne sendiri. Sejarah indah patut kita kenang pada tanggal 10 November 2000, Presiden Republik Indonesia - K.H. Abdurrahman Wahid bersedia meresmikan gereja, sesudah Beliau meresmikan Masjid Al-Akbar Surabaya.
Hendaknya umut Katolik tidak berkecil hati dalam menghadapi segala situasi dan persoalan, sebab bangsa kita memang sedang dalam proses belajar (sambutan peresmian, tgl 10 Nopember 2001).
Uskup Surabaya, Mgr. J Hadiwikarta, dalam perayaan Ekaristi Kudus tanggal 7 Januari 2001, memberikan dan mengangkat status gereja ini dari stasi menjadi paroki. Gereja yang berdiri indah dibawah jalan tol itu diberi nama: ''Gereja Sakramen Maha Kudus”.
GEREJA ROH KUDUS : Kisah dan Pesan dibalik kehadirannya
Sesudah gereja Sakramen Maha Kudus berdiri, P J. Heijne mulai merintis rencana pembangunan gereja baru di wilayah kecamatan Rungkut dan sekitarnya. Tanggal 29 Januari 1999, terjadi kesepakatan pembeliaan tanah dengan pihak “Puri Mas” sekitar 5000 m2. Pada tanggal 23 Mei 1999, Panitia Pembangunan yang terdiri dari Pelindung, Penanggungjawab, Penasihat teknis, Ketua bidang: Perencana, Pelaksana, Dana serta Sekretaris dan Bendahara dibentuk. Dengan diterbitkannya Surat Ijin mendirikan Rumah Ibadat dari Walikota Surabaya; Sunarto Sumoprawiro, maka panitia pembangunan dibawah penggembalaan Rm Felix Mado SVD (Alm) Pastor Kepala Paroki saat itu, mulai melakukan tindakan-tindakan konkrit. Tanggal 13 Juni 2000, keluarlah IMB dengan No. 188/858-92/402.05.09/2000. Dengan dikeluarkan izin ini maka umat Katolik yang berdominsili di wilayah ini boleh berharap atas nama kerinduan mereka untuk memiliki rumah ibadat; dan panitia pembangunan boleh bekerja di atas dasar hukum negeri ini. Akhirnya kita semua nanti boleh berbangga ‘Rumah Ibadat yang sangat dibutuhkan itu’ sudah selesai. Mudah-mudahan dari sana mengalir juga kasih dan persaudaraan, kerukunan dan damai bagi negeri tercinta ini.